定量蛋白质组学——Label Free
非标记定量蛋白质组学（Label Free）是近年来比较常见的一种对样本中蛋白质进行大规模相对定量分析的分析方法。
修饰技术-泛素化Label Free标记定量
（一类低分子量的蛋白质）分子在一系列特殊的酶作用下，将细胞内的蛋白质分类，从中选出靶蛋白分子，并对靶蛋白进行特异性修饰的过程，与蛋白质降解和功能调控密切相关。泛素化在蛋白质的定位、代谢、功能、调节
单一蛋白的高覆盖度分析
iTRAQ/TMT蛋白组定量分析 SILAC蛋白组定量分析 Label Free非标定量分析 半定量分析（spectral count） 鸟枪法蛋白全谱分析 2D蛋白胶点鉴定 单一蛋白高覆盖度分析
荧光差异凝胶电泳
荧光差异凝胶电泳技术基本实验线路是电泳前以Cy2、Cy3 和Cy5三种荧光染料分别标记蛋白质样品(其中包括一个蛋白质内标)。然后将标记好的蛋白质样品混合，在同一块胶上进行双向电泳。电泳结果分别用3种不同的激发波长得到不同颜色的荧光信号，根据这些信号的比例来判定样品之间蛋白质的差异，并且专用软件可全自动根据每个蛋白点的内标对其表达量进行校准，保证所检测到的蛋白丰度变化是真实的。